Tarihçi yazar Zekeriya Yıldız, Molla Lütfi'nin hikayesini aktarırken, onun dönemin önemli figürlerinden biri olduğunu vurguluyor. Molla Lütfi, ünlü Nasrettin Hoca'nın torunu Hızır Bey'in öğrencisi olarak dikkat çekmiş ve Sultan Fatih'in sarayında önemli bir yere sahip olmuştur.

Fatih Sultan Mehmet, İstanbul'un fethinin ardından bilimsel çalışmalara verdiği önemi göstererek, kütüphanede çalışacak ve eserleri tasnif edecek birine ihtiyaç duymuştur. Bu süreçte, Sinan Paşa, Molla Lütfi'yi tavsiye eder ve Lütfi, sarayın kütüphanesinde görev alır. Ancak zamanla, Sinan Paşa ile arası açılır; Sinan Paşa şüphecilik felsefesi benimsemeye başlar ve cinnet belirtileri göstermeye başlar.

Molla Lütfi, hoca olarak kaldığı süre içinde derslerinde yaptığı tartışmalar ve eleştirilerle dikkat çeker. Fakat bu eleştiriler, Sultan Fatih'in kulağına gider ve sonunda dolaylı olarak idam cezası ile sonuçlanır.

Molla Lütfi Efendi'nin olaylarını, onun eleştirilerinin toplum üzerindeki etkisini ve dönemin ideolojik yapısını gözler önüne seren bir durum söz konusudur. Özellikle o dönem için din ve devlet arasındaki çizgi belirsizleşmiştir. Molla Lütfi’nin cesur ve eleştirel yaklaşımı, onu dönemin otoriteleri karşısında savunmasız bırakmıştır.

Molla Lütfi, yönetimin değişmesiyle birlikte, yine yaşamına İstanbul'da devam eder ve medreselerde ders vermeye başlar. II. Beyazıt, onun belirgin zekasını ve yeteneklerini fark ederek onu önemli pozisyonlara atar ancak Molla Lütfi'nin cesur eleştirileri, onu yine sıkıntılı bir pozisyona sokar. Kıskançlık ve düşmanlık, onu takip eden gölgeleri olmuştur.

Hoca olarak itibar kazandığı sırada, Molla Lütfi, medrese hocalarını eleştirerek halk arasında kendisini sevilen bir figür haline getirir. Fakat bu cesur duruşunun bedelini ağır ödeyecektir. Özellikle hocasının ölümleri sonrasında, bir yalnızlık hisseder ve bu sürecin getirdiği nihai tehlike, onun başını belaya sokacaktır.

Molla Lütfi, İstanbul'da hekimlerin bile korktuğu bir cesaret göstererek, çeşit çeşit konuları aleni bir şekilde tartışmaktadır. Bu cesareti belki de hocası ve şeyhinin sağladığı destekten gelmektedir. Ama bu durum, ona karşı duyulan kin ve düşmanlığı da artıracaktır.

Sonuç olarak, Molla Lütfi, eleştirileri yüzünden idam cezasına çarptırılır. Sultanahmet'teki At Meydanı'nda 23 Ocak 1495'te başı vurularak idam edilir. Yıllar boyunca korku içinde bu olayın üstü kapatılmaya çalışılır, ama Molla Lütfi sonunda bir şehit olarak anılmıştır. İbn Kemal gibi büyük alimler, onun hayatta iken gösterdiği cesareti ve erdemi takdir etmiş ve daha sonra onun adıyla bu olayı anacaklardır. Molla Lütfi'nin hikayesi, tarihin derinliklerinde bir aydın sıkıntısının ve cesaretinin trajik bir temsilidir.